國稅局寄來核定通知書，認為在台子公司2024年度向日本母公司進貨的價格偏高，調增所得額補稅。日本母公司在日本早已就同一筆利潤報稅，財會人員手上同時有兩個期限（虛構情境）。復查是30天。相互協議程序（MAP）是三年。
日、韓、越三個協定怎麼規定
臺日協定由亞東關係協會與公益財團法人交流協會於2015年簽署，臺韓協定由駐韓國台北代表部與駐臺北韓國代表部於2021年簽署，臺越協定則由雙方駐地經濟文化辦事處於1998年簽署（財政部所得稅協定一覽表，2026年9月4日更新）。三者都有相互協議程序與相對應調整的條文，也都沒有仲裁條款。
| 臺日租稅協定 | 臺韓所得稅協定 | 臺越租稅協定 | |
|---|---|---|---|
| 相互協議條文 | 第24條 | 第25條 | 第25條 |
| 誰可以提出 | 居住者；無差別待遇案件可向國籍所屬方提出 | 同左 | 限居住者 |
| 期限 | 首次通知起三年 | 首次通知起三年 | 首次接獲通知起三年 |
| 相對應調整 | 第9條第2項，以他方同意為條件 | 第9條第2項 | 第9條第2項 |
| 資訊交換 | 第25條 | 第26條 | 第26條 |
協議達成後，執行不受雙方國內法期間規定的限制。主管機關的義務是「致力」協議解決，條文沒有要求一定達成協議。臺韓協定議定書另外規定，受理申訴的一方即使認為申訴無理由，也要和他方進行雙邊通知或溝通程序。
臺日協定第9條第2項多了一句「如該他方領域同意」：一方調增的利潤，要另一方同意是依常規交易應歸屬的利潤，另一方才就該部分稅額作適當調整。臺韓、臺越協定的同一項沒有這個條件。適用時點方面，臺日協定自2017年1月1日起適用（財政部2016年6月15日新聞稿），臺韓協定自2024年1月1日起適用（財政部2023年12月28日新聞稿）。越南方面的扣繳稅率，可參考臺越租稅協定專文。
向財政部申請：作業要點的流程
適用所得稅協定查核準則第41條授權財政部訂定程序，也就是適用所得稅協定相互協議程序作業要點（2020年11月25日修正）。申請事由共九款，包括常設機構認定、協定減免適用、移轉訂價相對應調整及雙邊預先訂價協議，不論有無提起行政救濟都可以申請（第二點）。只有我國或締約他方居住者能申請，稅目限所得稅，案件須在協定開始適用之後（第四點）。
申請書要寫明名稱、統一編號、居住地、適用協定、課稅通知，以及稅目、年度、背景、理由與主張；委任代理要附授權書，外文資料附中文譯本，經核准者可改提中文摘譯或外文版本（第六點）。財政部十日內確認收件（第七點）。
一般案件走第八點：財政部30日內審核，國稅局60日內審查，可延長一次60日。申訴有理、申請人沒有應作為而不作為、且我國可以單方解決的，國稅局於通知財政部之日起90日內執行；否則由財政部在接獲審核結果後90日內擬具我國立場，提供對方主管機關。雙方達成協議、需要我國配合執行的，國稅局於協議達成之日起90日內執行（第十三點）。
對方先調整、台灣要做相對應調整，則走第九點，期限是首次接獲對方課稅通知之日起三年（第五點）。國稅局在接獲財政部函後六個月內回復是否受理，十二個月內決定調整結果；申請人同意後90日內執行。如果國稅局不受理、不同意或只同意一部分，申請人有異議又不撤回的，財政部30日內向對方主管機關提出相互協議請求。
復查與退稅的期限照算
申請相互協議，復查期限會停嗎？稅捐稽徵法第35條規定，有應納稅額的核定，應於繳納期間屆滿翌日起30日內申請復查，條文沒有因相互協議而延長的規定。
已依扣繳率標準扣繳、事後要適用協定稅率的，查核準則第34條讓所得人或扣繳義務人自繳納之日起十年內，向原受理扣繳申報的稽徵機關申請；2025年4月8日修正施行時已逾五年的，適用修正前規定。文件細節見扣繳專文。
資訊交換、CRS與FATCA
租稅協定稅務用途資訊交換作業辦法第2條（2017年12月7日發布）列出個案請求、自發提供與自動交換。相互協議中提供的資料以密件處理（作業要點第十二點）。
金融帳戶資訊自動交換（CRS）的對象，依財政部2021年4月16日公告，只有日本、澳洲（2019年度起）與英國（2020年度起），韓國、越南、美國都不在名單上（2026年10月6日查閱）。財政部2026年7月30日表示，當年9月將與這三國交換。FATCA方面，AIT與TECRO於2016年12月22日（美東時間）簽署模式二協定，金管會表示須經立法院審議通過、總統公布後生效（金管會新聞稿）；2026年10月6日美國財政部網頁列為「Signed」。
美國母公司：沒有協定可用
截至2026年10月6日，財政部一覽表上臺美之間只有1988年的海空運輸換函。作業要點第三點所稱的所得稅協定，是與締約他方簽署生效的協定，權利金或移轉訂價爭議沒有協定可以依據。可以用的是國內途徑：復查之後有訴願與行政訴訟（財政部稅務入口網問答），因適用法令、認定事實或計算錯誤而溢繳的稅款，依稅捐稽徵法第28條自繳納之日起十年內申請退還，可歸責於政府機關的錯誤則為十五年。
需要討論個案時，可以把核定通知書的送達日期與課稅年度寄到昊鼎國際法律事務所（wei@hoveringlaw.com.tw）。
回到開頭的案例：在台子公司向財政部申請，三年從首次接獲核定通知書之日起算；復查的30天，則從繳款書所載繳納期間屆滿的翌日起算。
參考的官方資料
- 財政部所得稅協定一覽表（2026年9月4日更新）；臺日協定中譯本、英文本；臺韓協定合併文本中文、英文；臺越協定中譯本、英文本；臺美海空運輸換函
- 財政部新聞稿：臺日協定生效與適用（2016年6月15日）、臺韓協定生效與適用（2023年12月28日）、114年度CRS申報資料統計（2026年7月30日）
- 財政部適用所得稅協定相互協議程序作業要點（2020年11月25日修正）
- 適用所得稅協定查核準則（2025年4月8日修正）第34條、第41條
- 稅捐稽徵法（2021年12月17日修正）第28條、第35條
- 租稅協定稅務用途資訊交換作業辦法（2017年12月7日發布）第2條
- 財政部金融帳戶資訊自動交換應申報國名單公告（2021年4月16日）
- 財政部稅務入口網復查決定不服之救濟問答
- 金管會FATCA合作協定簽署新聞稿（2016年12月27日）；美國財政部FATCA網頁
資料確認日：2026年10月6日
常見問題
- 申請相互協議程序後，復查期限會停止計算嗎？
- 財政部作業要點第二點規定，不論有無依國內法提起行政救濟，都可以申請相互協議程序。稅捐稽徵法第35條的30日復查期間，條文沒有因申請相互協議而延長的規定，兩個期限要分別注意。
- 國外稅捐機關調整移轉訂價後，在台子公司要在多久內申請相對應調整？
- 依作業要點第五點，自首次接獲締約他方課稅通知之日起三年內，向財政部提出。國稅局應於接獲財政部函之日起六個月內回復是否受理，同意受理者，於十二個月內決定相對應調整結果。
- 美國母公司可以申請相互協議程序嗎？
- 截至2026年10月6日，財政部所得稅協定一覽表上，臺美之間只有1988年的海空運輸單項協定，沒有全面性所得稅協定。作業要點所稱的所得稅協定，是我國與締約他方簽署生效的協定，一般的權利金或移轉訂價爭議沒有協定可以依據，可循復查、訴願、行政訴訟，以及稅捐稽徵法第28條的退稅途徑處理。
本文僅供一般資訊參考，並非針對個別案件的法律意見。
