外國公司把貨存在台灣的自由貿易港區，再賣給國外客戶，賣貨的所得可以免徵營所稅嗎？有機會，但門檻在2019年改了。現行自由貿易港區設置管理條例第29條第1項，只對在境內僅從事準備或輔助性質活動、並經自由港區管理機關審查核准的營利事業，免徵其銷售貨物所得的營所稅。
關稅和營業稅另外看。經港區、保稅倉庫或物流中心再出口的貨物，本來就不課這些稅；貨物進入課稅區時，才按進口課徵。談不上緩繳。
自由港區：進區免稅，進課稅區才課
條例第21條規定，自由港區事業自國外運入供營運之貨物，免徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費，也無須辦理免徵、擔保、記帳及押稅手續。自用機器、設備同樣免徵，但運入後五年內輸往課稅區的要補徵。
存多久都可以。儲存逾二年的貨物，必要時要列印報表備海關查核（自由貿易港區貨物通關管理辦法第18條第7款）。
貨物輸往課稅區時，第23條規定依進口貨物課徵上述稅費；在區內加工、製造、重整的，按運出時形態的價格扣除區內附加價值核估完稅價格。營業稅法也把保稅貨物自保稅區進入境內其他地區列為進口（第5條第2款），由海關代徵營業稅（第41條），課稅區買受人填具進口報單，保稅區營業人免開統一發票（稅務入口網問答）。
能成為自由港區事業的，是公司或外國公司在台分公司（自由貿易港區事業營運管理辦法第2條第2項），須向自由港區管理機關申請許可（條例第13條）。
保稅倉庫、物流中心與保稅工廠
| 類型 | 業者 | 存儲期間 |
|---|---|---|
| 自由港區 | 港區事業 | 不受限制 |
| 保稅倉庫 | 向海關登記並繳納保證金的業者 | 二年，不得延長（經海關核准的特殊情形除外） |
| 物流中心 | 實收資本額1億5,000萬元以上的股份有限公司，或實際匯入同額營業資金的外國分公司 | 原則上不受限制 |
進口貨物存入保稅倉庫，在存倉期間內原貨出口或重整後出口者免稅（關稅法第58條），二年期限見保稅倉庫設立及管理辦法第45條。物流中心可以重整及簡單加工，出口同樣免稅（關稅法第60條、物流中心貨物通關辦法第5條、第18條）。
保稅工廠為外銷品製造廠商而設：進口原料製造外銷品免徵關稅，產品與原料非經海關核准並按出廠形態報關繳稅，不得出廠（關稅法第59條）。申請者須有登記合格的工廠並符合財務等條件，股份有限公司實收資本額須在新臺幣5,000萬元以上，外國分公司須實際匯入並登記營業資金5,000萬元以上（海關管理保稅工廠辦法第4條）。
營業稅方面，營業稅法第6條之1把上述場所和科學園區都列為保稅區。銷售與保稅區營業人供營運的貨物，依第7條第4款適用零稅率。申報期限等另見外商在台子公司的營業稅。
營所稅免稅：只給準備或輔助性質的活動
第29條第1項不限外國營利事業。不論自行或委託自由港區事業，在區內做的必須是貨物的採購、輸入、儲存或運送。修正規定自108年度結算申報案件適用，免稅實施到2042年12月31日；依修正前規定核准的案件，免徵期限最長到2021年12月31日（同條第4項至第6項）。
「外國公司把貨存在港區就免稅」的印象，來自101年12月28日修正的舊條文：外國營利事業或其在台分公司在區內儲存或簡易加工，售與國內、外客戶的所得免稅。
是否僅從事準備或輔助性質之活動，依同條授權訂定的免稅辦法第4條審查。依境外法律設立者原則上視為符合；實際管理處所在境內、在境內從事主要營業活動之全部，或經由境內固定營業場所從事的部分活動逾越準備或輔助範圍時，就不適用。判斷重點是境內的功能、風險、資產對整體營業是否非屬核心、必要及重要。
免稅辦法第5條再限定活動範圍：在境外執行銷售，或在境內透過經紀人、一般佣金代理商等具獨立身分的代理人銷售；銷售對象不得是自然人；儲存、運送只包括保存、分類、分級、分裝、包裝、重貼標籤、切割等不改變貨物性質的作業；境內採購的貨物賣給境內客戶，限於條文列舉的兩種情形。
洛杉磯的零件商由總部直接和越南、菲律賓客戶簽約，港區物流業者只負責倉儲與重貼標籤（虛構情境）。這接近條文描繪的樣子。如果改在台北聘業務直接跟台灣經銷商簽約，就不符合透過獨立代理人銷售的要件。
證明函與每年的結算申報
免稅不會自動適用。免稅辦法第6條要求在所得年度之次一會計年度第三個月終了日前，向自由港區管理機關申請證明函，核准免徵期間最長五年；會計年度採曆年制者，2026年度所得要在2027年3月底前申請。取得證明函後，仍須如期辦理結算申報，檢附證明函影本及租稅獎勵表，當年度始得免徵（第7條）。境內無固定營業場所及營業代理人者，應報經稽徵機關核准，委託境內居住的個人或有固定營業場所的營利事業代理申報納稅。受託的港區事業或受託內容變更、合約續約，都要重新申請（第10條）。
沒有免稅時：受託業者是營業代理人
依財政部107年4月17日台財稅字第10600664060號令，在境內無固定營業場所的外國營利事業，委託港區事業、保稅倉庫業者等我國營利事業代為輸入、儲存、銷售、運送貨物，受託者就是其營業代理人，應依所得稅法第73條第2項申報繳納營所稅。境內利潤貢獻程度計算困難時，只有輸入、儲存、銷售者，以整段交易流程總利潤的3%計算我國應課稅所得；有境內製造加工者，為3%加上境內製造加工成本費用占境內外相關成本費用的比率，合計以100%為限。稽徵機關查得實際貢獻程度較高的，按查得資料核定。
科學園區：限核准的園區事業
科學園區也是保稅區，但科學園區設置管理條例第23條的優惠只給園區事業：自國外輸入自用機器、設備及原料、物料、燃料、半製品、樣品、供貿易用之成品，免徵進口稅捐、貨物稅及營業稅，輸往課稅區時課稅（機器、設備為輸入後五年內）；產品或勞務外銷，營業稅稅率為零並免徵貨物稅。
園區事業是指經核准從事高級技術產品或服務開發、製造或研究發展的科學事業，以及經核准提供其營運、管理或技術服務的事業（第4條、第5條）。科學事業須為依法設立或經認許的公司、分公司等商業組織，研發經費也須占營業額一定比例以上。單做轉口物流的貿易商，不在其列。
評估委託港區事業或申請證明函時，可將委託合約草稿與貨物、銷售流程寄到昊鼎國際法律事務所（wei@hoveringlaw.com.tw）。
港區營所稅免徵實施到2042年12月31日。每一年度仍須有涵蓋該年度的證明函，並在結算申報時申請。
參考的官方資料
- 自由貿易港區設置管理條例（2019年1月16日修正）第13條、第21條、第23條、第29條、101年12月28日修正條文（修正前第29條）
- 營利事業於自由貿易港區從事貨物採購輸入儲存或運送免徵營利事業所得稅辦法（2019年10月9日修正）第4條、第5條、第6條、第7條、第10條
- 自由貿易港區事業營運管理辦法（2024年10月16日修正）第2條
- 自由貿易港區貨物通關管理辦法（2025年5月9日修正）第18條
- 加值型及非加值型營業稅法（2025年5月28日修正）第5條、第6條之1、第7條、第41條
- 關稅法（2022年5月11日修正）第58條、第59條、第60條
- 保稅倉庫設立及管理辦法（2026年7月20日修正）第45條
- 海關管理保稅工廠辦法（2026年6月12日修正）第4條
- 物流中心貨物通關辦法（2025年1月14日修正）第5條、第18條
- 科學園區設置管理條例（2018年6月6日全文修正；2022年7月27日公告主管機關業務改由國家科學及技術委員會管轄）第4條、第5條、第23條、法規沿革
- 所得稅法（2026年9月11日修正）第73條
- 財政部107年4月17日台財稅字第10600664060號令
- 財政部稅務入口網問答保稅區營業人銷貨至國內課稅區，處理手續如何？（2021年4月22日更新）
確認日期：2026年10月7日
常見問題
- 外國公司把貨存在自由貿易港區再賣出去，所得可以免徵營所稅嗎？
- 依108年度起適用的自由貿易港區設置管理條例第29條第1項，營利事業在境內僅從事準備或輔助性質之活動，自行或委託自由港區事業在港區內從事貨物之採購、輸入、儲存或運送，經自由港區管理機關審查核准者，其銷售貨物之所得免徵營所稅。免稅不會自動適用，要先取得證明函，並在每年度結算申報時申請；實施期限到2042年12月31日。
- 貨物放在保稅倉庫，關稅只是延後繳嗎？
- 進口貨物在規定存倉期間內原貨出口或重整後出口者免稅（關稅法第58條）；進入國內課稅區時才按進口課稅。保稅倉庫存倉期限為二年，不得延長，只有經海關核准的特殊情形例外。
- 貿易商可以進駐科學園區享受保稅嗎？
- 科學園區設置管理條例第23條的免稅適用於園區事業，也就是經核准從事高級技術產品或服務開發、製造或研究發展的科學事業，以及經核准提供其營運、管理或技術服務的事業。只做轉口物流的貿易商不符合。
本文僅供一般資訊參考，並非針對個別案件的法律意見。
